Свободное от послушаний время по благословению старца юный монах Агафон стал уделять чтению трудов святых отцов, особенно преподобных Симеона Нового Богослова и Исаака Сирина, святителя Игнатия (Брянчанинова). Через три года он был рукоположен в сан иеродиакона, а в 1920 году Патриарх Тихон рукоположил его в сан иеромонаха.

В начале 1923 года старец Герман мирно почил о Господе, а вскоре Зосимова пустынь, как и практически все обители в те годы, была закрыта. Иеромонах Агафон вместе с некоторыми другими зосимовскими братиями принял приглашение владыки Варфоломея (Ремова), настоятеля Высоко-Петровского монастыря, начать служение в этой обители. 

Главным деланием батюшки в Высоко-Петровском стала исповедь монашествующих и приходящих в монастырь богомольцев. Владыка предоставил ему просторный левый клирос храма во имя преподобного Сергия Радонежского. Через полгода служения, весной 1924 года, владыка Варфоломей возвел отца Агафона в сан архимандрита и назначил наместником монастыря. Отец Агафон был очень внимательным духовником, и скоро вокруг него собралась самая большая паства в Петровском монастыре. Были, однако, и прихожане, которые говорили, что он рано начал старчествовать, но отец Агафон, ничего не делавший без благословения владыки Варфоломея, смиренно нес свой духовнический крест. 

В 1926 году батюшка счел, что пришло время положить начало монашеству среди его духовных чад. Постепенно, по благословению владыки, он начал совершать тайные постриги в рясофор. Вот как вспоминает о руководстве старца Агафона одна из его духовных дочерей, монахиня Игнатия: «Души, открывшись батюшке, уходили только оставив свой “багаж” у его ног. Тут же они получали и новые задачи, и новые указания, им открывался часто новый путь, новое решение жизни. От человека батюшка требовал не только честного, но просто даже ревностного отношения к гражданским и служебным обязанностям, вменяя их как святое послушание. И жизнь наполнялась до краев. Протекая в тех же внешних формах, она получала вдруг иное содержание, иную окраску, все делалось теперь уже во имя Бога и ради Бога — так учил батюшка — и не было великих и малых дел…».

Духовные чада отца Игнатия, тайные постриженицы его общины, сохранили свою общность вплоть до конца 70-х годов. Первой «хозяйкой» в Знаменском скиту была монахиня Евфросиния, в прошлом насельница московского Рождественского монастыря. В 1930 году она была арестована и выслана в г. Данилов. 

Старшей среди пострижениц самого батюшки Агафона была монахиня Евпраксия (Варвара Сергеевна Трофимова, 1901–1979), регент левого хора Высоко-Петровского монастыря. Сестры воспринимали ее как игуменью их общины, особенно когда был арестован батюшка Игнатий. Она осуществляла связь сестер с батюшкой, не раз ездила к нему в заключение, первой узнала о его кончине, всю жизнь заботилась о всем обществе сестер. Практически одновременно с ней была пострижена в рясофор и поселилась в скиту монахиня Ксения (Екатерина Яковлевна Попова, 1893–1979). В 1930 году состоялся ее постриг в мантию, а через полгода — в начале 1931-го, матушка Ксения была арестована и на три года сослана в г. Горький. И в ссылке она оставалась послушным чадом отца Игнатия, батюшка руководил ею через письма. Так, например, он писал:

Матушка Ксения помогала матушке Евпраксии в помощи младшим сестрам до конца своей жизни. 

В 1924 году в Высоко-Петровский монастырь пришла молодая студентка университета Валентина Ильинична Пузик (1903–2004), от рук батюшки она приняла постриг в рясофор с именем Варсонофия, а уже после его гибели и в его память была пострижена в мантию с именем Игнатия. Почти в 100-летнем возрасте, в 2002 году, монахиня Игнатия была пострижена в схиму с именем Игнатия уже в честь прославленного во святых своего духовного отца. 

По благословению отца Игнатия юная монахиня продолжила учебу и научную деятельность, стала всемирно известным ученым в области патоморфологии туберкулеза, сформировала свою научную школу… Именно матушке Игнатии мы обязаны многими воспоминаниями о Высоко-Петровском монастыре и о преподобномученике Игнатии (Лебедеве). 

Отец Игнатий всегда очень внимательно относился к выбору имен для своих пострижеников. Поскольку монашество было тайным, «монастырь без стен и одежды», — как говорили о нем в Высоко-Петровском, — то таким особым покровом становилось для принявшего постриг новое имя. По мысли отца Игнатия, получив в постриге имя святого, новые иноки должны были подражать житию своего нового небесного покровителя. Новое имя не изменяло особенностей души каждой из сестер, напротив — каждая точно воскресала вновь в том исходном образе, который напечатлен был в ее душе Создателем всяческих. Батюшка говорил, что «сестры святы», святы потому, что избрали путь иной, особой иноческой жизни, принося во всесожжение Богу свою душу со всеми ее пожеланиями.7 Чаще тайные постриги принимали женщины, мужчины же, посвящая свою жизнь Богу, выходили на открытое служение, становились иеродиаконами и иеромонахами и вскоре подвергались гонениям — арестам, ссылкам, лагерям, казням… 

Чтобы научить сестер смирению, которое батюшка считал основой всей дальнейшей христианской жизни, он соединял сестер вместе, чтобы они учились истинно смиряться друг перед другом, а потом и нести в мир эту проповедь смирения.

Батюшка всегда стоял за последовательность восхождения в духовной жизни и, согласно Евангельским заповедям, основой всего считал нищету духа.

Особенные страдания доставляла старцу болезнь, которая поразила его вскоре после пострига – паркинсонизм, постепенно прогрессировавший, сковывавший движения батюшки и приведший к тому, что перед кончиной он был, по сути, прикован к своему одру. Когда ему было всего 46 лет, в 1929 году, болезнь столь усилилась, что батюшка попросил владыку Варфоломея исполнить его заветную мечту о постриге в схиму. Владыка сразу же согласился. Старший из зосимовских старцев игумен Митрофан сказал об этом: «Ему можно». В схиме ему было наречено имя Игнатий в честь священномученика Игнатия Богоносца и в память святителя Игнатия Брянчанинова, любимого духовного писателя батюшки. Сам старец считал схиму «еще большим трудом по несению скорбей душ человеческих». Число его духовных чад достигло в это время почти 400 человек. 

Руководство Московской епархии, тесно связанное с руководством Патриархии, участвовало в маскировке тайного Высоко-Петровского монастыря. По всей вероятности, это делалось с ведома и одобрения самого митрополита Сергия (Страгородского), лично знакомого с еп. Варфоломеем. Так еп. Филипп (Гумилевский), управлявший в то время Московской епархией, несмотря на арест, скрыл от властей факт тайного пострига отца Игнатия в схиму, хотя именно он и благословил этот постриг (схиархимандрит Игнатий, будучи арестован в 1935 г., проходил по документам дела под своим именем в мантии — как архимандрит Агафон).

В начале 30-х годов схиархимандрит Игнатий и игумен Митрофан были духовниками московского духовенства. Известно, например, что еще в конце 20-х годов к ним обратился священномученик Роман Медведь, которого они благословили оформить официальный развод, чтобы избавить от преследований семью. Их духовный авторитет в Москве был очень высок. Именно поэтому власти настояли, чтобы в 1934 году отец Игнатий был отстранен от служения и исповедания богомольцев. Подчиняясь решению священноначалия, он с этого времени не приходил в храм. Батюшка не мог прийти даже на отпевание своей почившей матери (также его тайной постриженицы с именем Авраамия). Отпевал ее епископ Варфоломей. 

Еще ранее, в 1933 году, отец Иннокентий вынужден был оставить свою прежнюю квартиру по настоянию ее хозяев. Одна из его тайных пострижениц, монахиня Афанасия (Феофания Филипповна Давыдова, 1901–1979?), предложила отцу Игнатию, который был тяжело болен, переехать к ней, чтобы, как она говорила, «жить спокойно». Здесь батюшка мог принимать людей, здесь иногда совершались богослужения. В 1935 году, когда монахиню Афанасию арестовали вместе с батюшкой, эту помощь старцу вменили ей в вину. Из обвинения следовало, что на ее квартире отец Игнатий «проводил систематическую антисоветскую агитацию, обрабатывал в религиозном и контрреволюционном духе, склонял на тайное монашество и одновременно с этим распространял ложные слухи о, якобы, проводимых советской властью гонениях на религию и верующих». Приговором была ссылка на три года в Казахстан. По возвращении из ссылки матушка Афанасия вновь присоединилась к сестрам из Петровской общины; в 1939 году архимандрит Исидор (Скачков) постриг ее в мантию с наречением имени Варсонофия.

Сам старец Игнатий был арестован на 5-й неделе Великого Поста 1935 года, в вечер чтения Великого канона, и заключен в Бутырскую тюрьму, где почти все время провел в тюремном лазарете. По собственному признанию старца, 

В Светлую Пасхальную ночь батюшка был утешен подарком — от парализованного больного, «лишенного ног», он получил изображение красного яичка, которое тот нарисовал красной спичкой на бумаге. А батюшка в ответ шепотом пел ему всю Светлую утреню. 
В октябре старец был этапирован из Москвы. Первым местом заключения стал лагерь, размещавшийся в бывшей Саровской пустыни. Больной батюшка все время находился в лазарете. Из заключения он писал своим чадам:

В конце жизни отец Игнатий практически не мог самостоятельно двигаться, тяжко страдал от болезней, но не унывал и, как мог, утешал свою паству. Во время свидания с духовной дочерью он завещал своим духовным чадам:

После ареста схиархимандрита Игнатия (Лебедева) руководить его духовными детьми стал архимандрит Никита (Курочкин), ближайший духовный друг батюшки, вместе с ним пришедший из Зосимовой пустыни в Высоко-Петровский монастырь, но после ссылки (1930–1933гг.) не имевший уже возможности служить в Москве, живя и совершая богослужения в Волоколамске вместе со своим духовным братом архимандритом Зосимой (Ниловым). Но и Батюшка не переставал руководить своими духовными чадами, пользуясь каждой возможностью направить им хоть какую-то весточку. 

В одном из писем, присланном через полгода после расстрела владыки Варфоломея, старец приоткрыл перед своими духовными чадами завесу над посмертной судьбой владыки: «…Я его видел во сне служащим, в саккосе у престола».

Тяжко отозвалась в сердце батюшки Игнатия кончина отца Никиты, случившаяся на пасхальной неделе 1937 года. 

Последнее письмо батюшки, не имевшего уже сил из-за голода и болезней даже проставить все знаки препинания, — это завещание мира: 

Елена Балашова «С БОГОМ ВЕЗДЕ ХОРОШО: И НА ФАВОРЕ, И НА ГОЛГОФЕ!»